房地产开发项目的土地增值税清算审核中,工作量最大、难度最高、对清算结果影响最大的就是工程成本的审核，而且专业性和政策性强，审核工作量大，审核结果对工程项目影响深远。房地产企业土地增值税清算，一定要了解税务机关的审核要点。在土地增值税清算中，开发成本的审核是中心环节，主要分为以下几个步骤：
确认项目总计税成本
审核项目明细账、记账凭证、原始发票、工程合同等开发成本相关资料，确认项目总计税成本。需要注意以下几点：
1. 由于土地增值税计税成本的口径与会计成本不一致，首先要审核开发成本的入账范围，将不属于在开发成本中列支的支出剔除。以下支出不允许计入土地增值税计税成本：施工企业的水电费;未代扣税款的境外支出;土地出让金的资金占用费、滞纳金;物业启动经费;招标服务费;业务招待费;咨询审计费;管理及销售人员工资;精装修中可移动家电成本;红线外支出;非清算项目支出等。
2. 审核开发成本抽凭明细表。清算实务中，税务机关抽查比例特别高，部分地区甚至要求开发成本记账凭证100%检查，是整个审核工作量最大的部分。通过对记账凭证及后附发票、支票根等原始凭证的审核，将会计成本中取得不合规票据(如白条、资金往来发票、串行业发票、非本公司发票等)的部分扣除，减少清算的计税成本。
3. 审核项目合同台账，分类汇总合同金额，与开发成本金额核对。在清算实务中，土地成本的确认口径比较严格，土地出让合同金额、土地出让金票据与开发成本土地成本会计记录必须一致，否则按照三者孰低原则确认计税成本。拆迁补偿费计税成本与土地出让金确认原则一致。
建筑安装、基础设施等其他工程类合同，需对大额合同的真实性、合法性、相关性进行审核，应提供与合同相关的招标文件、工程洽商、变更审批单、工程结算单等相关资料，作为成本真实发生的支持性证据。
4. 开发成本中利息支出的特殊规定。 按照会计准则及税法的相关规定，在项目竣工备案前发生的利息费用计入开发成本，竣工备案后计入财务费用。清算中，允许扣除的利息支出，必须同时符合专项借款、金融机构借款、不超过商业银行同类同期贷款利率三个条件，房地产企业实际发生的利息费用大部分不允许扣除。因此，一般企业都按“取得土地使用权所支付的金额”与“房地产开发成本”金额之和的5%计算扣除。
确认总计税成本是否合理
当项目总成本确定后，一般通过比较法对其合理性进行判断。首先，与企业内部的概(预)算成本进行比较，若出现异常超支差异，则需提交书面差异情况说明。其次，与行业同类项目的平均成本进行比较，若单位面积开发成本(不含土地成本)明显偏高，则需提供书面说明书。
北京市曾对百家房地产开发企业建设毛坯房的前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费用(以下简称四项成本)进行了调查统计。在此基础上，北京市地方税务局于2009年制定了土地增值税清算项目分类房产单位面积四项成本核定表。在清算实务中，清算项目的四项成本扣除额明显高于核定的扣除金额标准，又无正当理由的，按照《北京市地方税务局关于土地增值税核定扣除项目金额标准有关问题的通知》(京地税地〔2009〕245号)的规定进行核定扣除。
确定成本的分配方法是否合法、合理
土地增值税清算时必须分别核算普通住宅及其他商品房的增值额。由于不同物业形态开发成本差异较大，因此计税成本在各物业形态的分配方法是否合法、合理是开发成本审核最关键的环节。对于共同成本，土地增值税清算相关政策提出三种分配方法，即按转让土地使用权的面积占总面积的比例计算分摊，按建筑面积计算分摊，按税务机关确认的其他方式计算分摊。
在清算实务中，对于成本分配方法要根据各地税务机关具体政策执行。以北京为例，在2016年7月1日前原则按照建筑面积平均分配总计税成本，即所有物业形态的单位成本相同;若采取其他分配方法，则需报经税务机关单独审批。但是，2016年北京市地方税务局发布了新的土地增值税清算管理规程，自2016年7月1日后受理的清算项目一般按照下列原则分配计税成本：
1. 能够分清各物业形态的间接成本，按照受益对象直接归集成本费用。例如：(1)土地出让金，为土地出让合同明确约定的住宅、商业、办公及地下车位的单位成本;(2)精装修成本，为合同约定的商业、公寓的具体金额;(3)建安成本，虽然合同未明确约定各物业成本，但工程结算单能对应各物业成本;(4)应按照合同约定或工程结算单直接归集各自成本，直接成本法优于其他分配方法。
2. 土地成本(直接成本外)，一般按占地面积法进行分配。如果确需结合其他方法进行分配的，需经税务机关同意。
3. 除前两项之外的其他成本，原则按建筑面积法进行分配。
成本分配方法的选择对普通住宅和其他商品房计税成本总额的确定至关重要，直接影响土地增值税的税负。因此，企业应提供直接成本依据，选择有利于的分摊方法计算计税成本，可以降低项目土地增值税的负担。
土地增值税清算审核，专业性和政策性强，审核工作量大，审核结果对企业影响深远。建议企业选择一个专业知识强、执业规范、经验丰富的税务师事务所，合理运用现行清算政策进行税收策划。同时，纳税人还应与税务机关保持良好和顺畅的税企关系，掌握正确执行口径，避免税收风险。
